Differential cytogenomics and miRNA signature of the Acute Myeloid Leukaemia Kasumi-1 cell line CD34+38− compartment

Pedranzini, Laura; Mottadelli, Federica; Ronzoni, Simona; Rossella, Franca; Ferracin, Manuela; Magnani, Ivana; Roversi, Gaia; Colapietro, Patrizia; Negrini, Massimo; Pelicci, Pier Giuseppe; Larizza, Lidia

doi:10.1016/j.leukres.2010.02.012

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Volume 34, Issue 10 , Pages 1287-1295, October 2010

Differential cytogenomics and miRNA signature of the Acute Myeloid Leukaemia Kasumi-1 cell line CD34⁺38⁻ compartment

Laura Pedranzini
- Genetica Medica, Dipartimento di Medicina, Chirurgia e Odontoiatria, Università di Milano, Via A. di Rudinì 8, 20142 Milan, Italy
Federica Mottadelli
- Genetica Medica, Dipartimento di Medicina, Chirurgia e Odontoiatria, Università di Milano, Via A. di Rudinì 8, 20142 Milan, Italy
Simona Ronzoni
- Dipartimento di Oncologia Sperimentale, Istituto Europeo di Oncologia, Milan, Italy
Franca Rossella
- Genetica Medica, Dipartimento di Medicina, Chirurgia e Odontoiatria, Università di Milano, Via A. di Rudinì 8, 20142 Milan, Italy
Manuela Ferracin
- Dipartimento di Medicina sperimentale e diagnostica, sez. Microbiologia presso “Il Cubo”, Università di Ferrara, Ferrara, Italy
Ivana Magnani
- Genetica Medica, Dipartimento di Medicina, Chirurgia e Odontoiatria, Università di Milano, Via A. di Rudinì 8, 20142 Milan, Italy
Gaia Roversi
- Genetica Medica, Dipartimento di Medicina, Chirurgia e Odontoiatria, Università di Milano, Via A. di Rudinì 8, 20142 Milan, Italy
- Unità di Genetica Medica, Fondazione IRCCS, Istituto Nazionale Tumori, Milan, Italy
Patrizia Colapietro
- Genetica Medica, Dipartimento di Medicina, Chirurgia e Odontoiatria, Università di Milano, Via A. di Rudinì 8, 20142 Milan, Italy
Massimo Negrini
- Dipartimento di Medicina sperimentale e diagnostica, sez. Microbiologia presso “Il Cubo”, Università di Ferrara, Ferrara, Italy
Pier Giuseppe Pelicci
- Dipartimento di Oncologia Sperimentale, Istituto Europeo di Oncologia, Milan, Italy
Lidia Larizza
- Genetica Medica, Dipartimento di Medicina, Chirurgia e Odontoiatria, Università di Milano, Via A. di Rudinì 8, 20142 Milan, Italy
- Corresponding author. Tel.: +39 02 5032 3206; fax: +39 02 5032 3206.

Received 19 October 2009; received in revised form 13 February 2010; accepted 13 February 2010. published online 07 March 2011.

Abstract

The t(8;21) Acute Myeloid Leukaemia (AML) Kasumi-1 cell line with N822K KIT mutation, is a model system for leukemogenesis. As AML initiating cells reside in the CD34⁺CD38⁻ fraction, we addressed the refined cytogenomic characterization and miRNA expression of Kasumi-1 cell line and its FACS-sorted subpopulations focussing on this compartment. By conventional cytogenetics, Spectral-Karyotyping and array-CGH the cytogenomic profile of Kasumi-1 cells evidenced only subtle regions differentially represented in CD34⁺CD38⁻ cells.

Expression profiling by a miRNA platform showed a set of miRNA differentially expressed in paired subpopulations and the signature of miR-584 and miR-182 upregulation in the CD34⁺CD38⁻ fraction.

Keywords: AML, Kasumi-1, CD34⁺CD38⁻, Cytogenomic characterization, miRNA expression